Dans chaque département, une fédération de la Ligue de l’enseignement fédère de nombreuses initiatives par l’intermédiaire des associations locales adhérentes. Ses responsables sont élus par les représentants des associations adhérentes à l’occasion des assemblées générales annuelles.

L’échelon régional est représenté par la Ligue de l’enseignement en Bretagne.

Au plan national, la Ligue de l’enseignement est la confédération des fédérations départementales. Tous les trois ans, elle se réunit pour déterminer ses orientations. Ses administrateurs sont élus par les responsables des fédérations départementales lors des assemblées générales annuelles. Outre l’animation de l’ensemble de la confédération, ils ont la responsabilité du centre confédéral, situé à Paris, qui est un lieu de ressources et d’animation pour l’ensemble du mouvement. Par ailleurs, le centre confédéral met en oeuvre les orientations et les programmes définis lors des congrès ou assemblées générales.